05 nội dung cần có trong quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99

Thông tư 99/2025/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, mang đến những thay đổi trong việc tổ chức công tác kế toán doanh nghiệp. Văn bản cho phép doanh nghiệp chủ động điều chỉnh hệ thống tài khoản và biểu mẫu chứng từ trong phạm vi quy định, đồng thời đặt ra trách nhiệm về quản trị và kiểm soát nội bộ. Vì vậy, quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99 là nội dung doanh nghiệp cần rà soát để bảo đảm hoạt động kế toán được tổ chức thống nhất, có căn cứ và phù hợp với quy định hiện hành. Vậy doanh nghiệp cần xây dựng những nội dung nào, đâu là yêu cầu bắt buộc và đâu là nội dung nên bổ sung để quản lý hiệu quả hơn?

Quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99 có bắt buộc không?

Trước khi xây dựng quy chế, doanh nghiệp cần xác định nghĩa vụ pháp lý áp dụng cho từng nội dung, tránh hiểu rằng mọi đơn vị đều phải lập một văn bản riêng có cùng tên gọi và cấu trúc. Theo Điều 3 Thông tư 99/2025/TT-BTC, doanh nghiệp có trách nhiệm tự xây dựng quy chế quản trị nội bộ hoặc tài liệu tương đương và tổ chức kiểm soát nội bộ. Bên cạnh đó, Điều 9 và Điều 11 quy định trách nhiệm ban hành Quy chế hạch toán kế toán hoặc tài liệu tương đương trong các trường hợp thiết kế, sửa đổi chứng từ hoặc sửa đổi hệ thống tài khoản thuộc phạm vi điều chỉnh tương ứng. Như vậy, khi xây dựng quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99, doanh nghiệp cần phân biệt hai nhóm:

• Nội dung có yêu cầu pháp lý cụ thể: Chẳng hạn, ban hành Quy chế hạch toán kế toán khi sửa đổi, bổ sung hệ thống tài khoản theo Điều 11 hoặc thiết kế thêm, sửa đổi biểu mẫu chứng từ theo Điều 9.
• Nội dung nên chuẩn hóa để quản trị: Chẳng hạn, quy trình phân bổ chi phí, quản lý tài sản, đối chiếu công nợ và phân công công việc kế toán, tùy đặc điểm hoạt động.

Doanh nghiệp có thể bố trí các nội dung trong một văn bản chung hoặc các tài liệu tương đương phù hợp. Điều quan trọng là đáp ứng đúng nghĩa vụ pháp luật và bảo đảm quy định được thực hiện nhất quán.

05 nội dung cần rà soát trong quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99

Để quy chế có giá trị sử dụng thực tế, doanh nghiệp nên rà soát năm nhóm nội dung dưới đây. Phạm vi áp dụng từng nhóm cần căn cứ vào hoạt động, hệ thống kế toán hiện có và yêu cầu cụ thể của Thông tư 99.

Quy định về mở và sửa đổi hệ thống tài khoản kế toán

Hệ thống tài khoản là căn cứ để phân loại, ghi nhận và tổng hợp nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Vì vậy, doanh nghiệp cần đối chiếu danh mục tài khoản đang sử dụng với Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 99/2025/TT-BTC. Theo Điều 11, doanh nghiệp được sửa đổi, bổ sung tên, số hiệu, kết cấu và nội dung phản ánh của tài khoản kế toán để phù hợp với đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý. Việc sửa đổi phải bảo đảm phân loại nghiệp vụ theo nội dung kinh tế, không trùng lặp đối tượng, tuân thủ nguyên tắc kế toán và không làm thay đổi hoặc ảnh hưởng đến các chỉ tiêu, thông tin trình bày trên báo cáo tài chính.

Khi thực hiện những thay đổi thuộc phạm vi quy định, doanh nghiệp phải ban hành Quy chế hạch toán kế toán hoặc tài liệu tương đương. Nội dung cần làm rõ:

• Danh mục tài khoản được sửa đổi, bổ sung.
• Lý do và sự cần thiết của từng thay đổi.
• Nguyên tắc hạch toán, đối tượng theo dõi và cách sử dụng tài khoản.
• Trách nhiệm của bộ phận kế toán và các cá nhân liên quan.
• Cách bảo đảm số liệu sổ kế toán phù hợp với báo cáo tài chính.

Ví dụ, doanh nghiệp muốn theo dõi doanh thu riêng theo từng nhóm sản phẩm có thể xây dựng phương án chi tiết hóa tài khoản phù hợp. Tuy nhiên, việc điều chỉnh phải tuân thủ Điều 11, không được tùy tiện thay đổi bản chất nghiệp vụ.

Quy định về chứng từ và quy trình hạch toán kế toán

Chứng từ kế toán là căn cứ ghi sổ, kiểm tra và đối chiếu giao dịch. Vì vậy, doanh nghiệp cần thống nhất cách lập, kiểm tra, phê duyệt, luân chuyển và lưu trữ chứng từ. Theo Điều 9 Thông tư 99/2025/TT-BTC, doanh nghiệp áp dụng hệ thống biểu mẫu chứng từ tại Phụ lục I. Trường hợp thiết kế thêm hoặc sửa đổi, bổ sung biểu mẫu chứng từ theo quy định, doanh nghiệp phải ban hành Quy chế hạch toán kế toán hoặc tài liệu tương đương về nội dung thay đổi để làm cơ sở thực hiện.

Các nội dung nên được quy định gồm:

• Danh mục chứng từ sử dụng và mục đích của từng loại.
• Trường hợp áp dụng mẫu theo Phụ lục I hoặc sử dụng mẫu được thiết kế thêm.
• Trách nhiệm lập, kiểm tra và ký chứng từ.
• Quy trình luân chuyển, phê duyệt và ghi sổ.
• Phương thức lưu trữ, tra cứu và xử lý chứng từ sai sót.

Đây là nhóm nội dung quan trọng trong quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99, giúp doanh nghiệp hạn chế tình trạng chứng từ thiếu thông tin, phê duyệt không đúng thẩm quyền hoặc mỗi bộ phận thực hiện một quy trình khác nhau. Lưu ý, việc tự thiết kế biểu mẫu không đồng nghĩa với quyền bỏ qua các nội dung bắt buộc của chứng từ kế toán theo pháp luật.

Nguyên tắc ghi nhận tài sản, khấu hao và phân bổ chi phí

Bên cạnh các nội dung có yêu cầu trực tiếp về tài khoản và chứng từ, doanh nghiệp nên chuẩn hóa những chính sách kế toán thường xuyên phát sinh để bảo đảm tính nhất quán giữa các kỳ. Tùy đặc điểm hoạt động, nội dung quy chế hạch toán kế toán có thể làm rõ:

• Ghi nhận tài sản: Nguyên tắc phân loại, ghi nhận, theo dõi và quản lý tài sản theo quy định áp dụng.
• Khấu hao tài sản cố định: Căn cứ xác định thời gian sử dụng hữu ích, phương pháp khấu hao và trách nhiệm rà soát.
• Phân bổ chi phí: Tiêu thức phân bổ, kỳ phân bổ và bộ phận chịu chi phí.
• Trích lập dự phòng: Điều kiện ghi nhận, căn cứ xác định và hồ sơ liên quan theo quy định.
• Đối chiếu số liệu: Tần suất kiểm tra và trách nhiệm xử lý chênh lệch.

Ví dụ, doanh nghiệp có nhiều nhóm tài sản phục vụ các hoạt động khác nhau nên thống nhất cách bàn giao, theo dõi, tính khấu hao và đối chiếu tài sản. Nhờ đó, nhân sự kế toán có căn cứ xử lý nghiệp vụ và giải trình số liệu khi cần. Cần lưu ý rằng đây là nhóm nội dung nên chuẩn hóa theo nhu cầu quản trị, không phải toàn bộ đều là nghĩa vụ lập một quy chế riêng được quy định trực tiếp tại Thông tư 99.

Quy chế quản trị và kiểm soát nội bộ

Đây là nội dung cần được doanh nghiệp đặc biệt quan tâm. Theo Điều 3 Thông tư 99/2025/TT-BTC, doanh nghiệp có trách nhiệm tự xây dựng quy chế quản trị nội bộ hoặc tài liệu tương đương, đồng thời tổ chức kiểm soát nội bộ nhằm phân định quyền, nghĩa vụ và trách nhiệm của các bộ phận, cá nhân liên quan đến giao dịch kinh tế phát sinh. Quy chế nên làm rõ các vấn đề sau:

• Phân công nhiệm vụ: Xác định người đề xuất, người thực hiện, người kiểm tra và người phê duyệt giao dịch.
• Thẩm quyền phê duyệt: Quy định cấp có thẩm quyền theo loại giao dịch và hạn mức quản lý.
• Kiểm soát chứng từ: Xác định trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, đối chiếu hồ sơ và xử lý chứng từ thiếu thông tin.
• Quản lý tài sản, tiền và công nợ: Phân công người theo dõi, kiểm kê, đối chiếu và báo cáo.
• Xử lý sai lệch: Quy định cách phát hiện, báo cáo, điều chỉnh và lưu hồ sơ.

Ví dụ, người đề nghị thanh toán, người kiểm tra hồ sơ và người phê duyệt nên được phân định trách nhiệm phù hợp với quy mô doanh nghiệp. Việc tách biệt các khâu khi có điều kiện giúp tăng khả năng kiểm soát và hạn chế sai sót. Một quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99 được xây dựng phù hợp không chỉ hỗ trợ bộ phận kế toán mà còn giúp ban lãnh đạo kiểm soát tốt hơn các giao dịch và trách nhiệm của từng bộ phận.

Đơn vị tiền tệ và nguyên tắc trình bày báo cáo tài chính

Doanh nghiệp cũng cần rà soát đơn vị tiền tệ kế toán và các quy định về lập, trình bày báo cáo tài chính để bảo đảm số liệu phản ánh đúng thực tế và đáp ứng yêu cầu pháp lý. Về đơn vị tiền tệ kế toán: Theo Điều 4 Thông tư 99/2025/TT-BTC, Đồng Việt Nam (VND) là đơn vị tiền tệ mặc định dùng trong kế toán. Doanh nghiệp chủ yếu thu, chi bằng ngoại tệ và đáp ứng điều kiện theo quy định có thể lựa chọn ngoại tệ làm đơn vị tiền tệ kế toán. Việc lựa chọn phải tuân thủ điều kiện, nguyên tắc chuyển đổi và yêu cầu trình bày báo cáo tài chính.

Về báo cáo tài chính: Doanh nghiệp cần áp dụng các biểu mẫu và nguyên tắc lập, trình bày báo cáo theo Thông tư 99. Nếu có nhu cầu điều chỉnh hoặc bổ sung chỉ tiêu, doanh nghiệp phải xác định đúng quy định áp dụng cho loại báo cáo và thực hiện các yêu cầu tương ứng; không được tự ý làm sai lệch thông tin tài chính. Trong quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99, doanh nghiệp nên xác định rõ trách nhiệm lập, kiểm tra và phê duyệt báo cáo, quy trình đối chiếu số liệu cũng như cách xử lý khi phát hiện sai lệch.

Vì sao doanh nghiệp cần hoàn thiện quy chế kế toán nội bộ?

Một hệ thống quy định rõ ràng giúp doanh nghiệp tổ chức công tác kế toán nhất quán, giảm phụ thuộc vào kinh nghiệm cá nhân và nâng cao khả năng kiểm soát. Ba lợi ích nổi bật gồm:

• Hạn chế sai sót trong hạch toán: Các nguyên tắc ghi nhận, tài khoản và quy trình chứng từ được thống nhất giúp kế toán xử lý nghiệp vụ có căn cứ.
• Tăng tính minh bạch: Phân định rõ trách nhiệm giúp doanh nghiệp dễ kiểm tra, đối chiếu và xác định nguyên nhân khi phát sinh sai lệch.
• Duy trì tính liên tục khi thay đổi nhân sự: Tài liệu được lưu trữ đầy đủ giúp nhân sự mới tiếp nhận công việc thuận lợi, giảm nguy cơ gián đoạn quy trình.

Với doanh nghiệp nhỏ, quy chế không nhất thiết phải dài hoặc phức tạp. Điều cần thiết là xác định đúng nghĩa vụ, xây dựng nội dung phù hợp với hoạt động thực tế và cập nhật khi có thay đổi.

Hướng dẫn xây dựng quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99

Sau khi xác định các nội dung cần rà soát, doanh nghiệp có thể triển khai theo ba bước để bảo đảm quy chế phù hợp với quy định và dễ áp dụng.

Bước 1: Rà soát hệ thống kế toán hiện tại

Đối chiếu tài khoản, chứng từ và biểu mẫu báo cáo đang sử dụng với các phụ lục tương ứng của Thông tư 99. Đồng thời, kiểm tra quy chế quản trị, quy trình phê duyệt và phân công trách nhiệm hiện có. Kết quả rà soát cần xác định nội dung đã đáp ứng, nội dung cần điều chỉnh và trường hợp phát sinh nghĩa vụ ban hành quy chế hoặc tài liệu tương đương.

Bước 2: Soạn thảo và hoàn thiện quy chế

Dựa trên kết quả rà soát, doanh nghiệp xây dựng hoặc cập nhật tài liệu phù hợp. Mỗi nội dung nên xác định rõ mục đích, phạm vi áp dụng, nguyên tắc thực hiện, trách nhiệm và cách kiểm tra. Doanh nghiệp có thể tham khảo mẫu quy chế kế toán nội bộ doanh nghiệp để tiết kiệm thời gian, nhưng cần đối chiếu từng điều khoản với quy định pháp luật và đặc điểm hoạt động trước khi sử dụng.

Bước 3: Ban hành, phổ biến và cập nhật

Doanh nghiệp thực hiện ban hành theo thẩm quyền và quy trình quản trị áp dụng tại đơn vị, phổ biến đến các cá nhân liên quan và lưu trữ để phục vụ việc thực hiện, kiểm tra, đối chiếu. Khi thay đổi quy trình kinh doanh, chính sách kế toán hoặc hệ thống tài khoản, chứng từ, doanh nghiệp cần rà soát và cập nhật tài liệu tương ứng. Văn bản phải phản ánh đúng cách thức đang áp dụng trên thực tế.

Giải đáp một số câu hỏi thường gặp về quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99

Trong quá trình xây dựng và áp dụng quy chế kế toán nội bộ theo Thông tư 99, doanh nghiệp có thể gặp vướng mắc về nghĩa vụ ban hành, hồ sơ cần lưu trữ và trách nhiệm của từng bộ phận. Dưới đây là giải đáp những câu hỏi thường gặp giúp doanh nghiệp hiểu rõ hơn và chủ động thực hiện đúng quy định.

Doanh nghiệp nhỏ có bắt buộc phải ban hành quy chế kế toán nội bộ không?

Doanh nghiệp có trách nhiệm xây dựng quy chế quản trị nội bộ hoặc tài liệu tương đương và tổ chức kiểm soát nội bộ theo Điều 3 Thông tư 99/2025/TT-BTC. Đối với quy chế hạch toán kế toán khi sửa đổi tài khoản hoặc chứng từ, cần xác định nghĩa vụ theo từng trường hợp quy định tại Điều 9 và Điều 11, không mặc định mọi doanh nghiệp đều phải có một văn bản riêng gồm đủ năm nội dung.

Quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99 có phải nộp cho cơ quan thuế không?

Doanh nghiệp cần căn cứ quy định áp dụng cho từng loại tài liệu và yêu cầu hợp pháp của cơ quan có thẩm quyền. Không nên mặc định mọi quy chế nội bộ đều phải nộp định kỳ cho cơ quan thuế. Doanh nghiệp cần lưu trữ tài liệu đầy đủ để phục vụ công tác quản lý và kiểm tra khi cần thiết.

Doanh nghiệp đã áp dụng Thông tư 99 nhưng chưa hoàn thiện quy chế thì nên làm gì?

Doanh nghiệp nên rà soát hệ thống tài khoản, chứng từ, báo cáo tài chính và quy trình kiểm soát nội bộ; xác định nội dung còn thiếu rồi xây dựng, ban hành hoặc cập nhật tài liệu phù hợp. Nếu phát hiện sai lệch đã phát sinh, cần xử lý theo quy định liên quan.

Quy chế kế toán nội bộ có cần cập nhật thường xuyên không?

Có. Doanh nghiệp nên rà soát khi có thay đổi về hoạt động kinh doanh, chính sách kế toán, quy trình kiểm soát hoặc hệ thống tài khoản, chứng từ. Với những nội dung thuộc trường hợp phải ban hành quy chế hoặc tài liệu tương đương, việc cập nhật cần đáp ứng đúng yêu cầu pháp luật.

Ai chịu trách nhiệm xây dựng và ban hành quy chế?

Bộ phận kế toán thường phối hợp với các bộ phận liên quan để soạn thảo nội dung chuyên môn theo phân công. Người có thẩm quyền ban hành được xác định theo quy định pháp luật, điều lệ và cơ cấu quản trị của doanh nghiệp. Cần phân định rõ trách nhiệm soạn thảo, rà soát và phê duyệt.

>>> NewCA hỗ trợ doanh nghiệp tham khảo mẫu quy chế kế toán nội bộ doanh nghiệp để điều chỉnh theo đặc điểm hoạt động và nhu cầu quản trị thực tế. Follow Zalo OA để nhận ngay mẫu khung quy chế kế toán nội bộ và đăng ký tư vấn dịch vụ kế toán cùng NewCA.

Quy chế kế toán nội bộ Thông tư 99 là nội dung doanh nghiệp cần rà soát để tổ chức công tác kế toán thống nhất, tăng khả năng kiểm soát và đáp ứng đúng yêu cầu pháp luật. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần phân biệt nghĩa vụ xây dựng quy chế quản trị, kiểm soát nội bộ với yêu cầu ban hành quy chế hạch toán kế toán trong những trường hợp sửa đổi tài khoản hoặc chứng từ cụ thể. Việc rà soát năm nhóm nội dung gồm hệ thống tài khoản, chứng từ, chính sách ghi nhận, kiểm soát nội bộ và đơn vị tiền tệ, báo cáo tài chính sẽ giúp doanh nghiệp xác định đúng những phần cần hoàn thiện.

>>> Xem thêm: Truy xuất lịch sử ký hợp đồng điện tử: Kế toán quản lý hồ sơ thế nào?