Hợp đồng điện tử quyết toán thuế: Kế toán cần biết gì?

Hợp đồng điện tử có được cơ quan thuế chấp nhận khi quyết toán không là vấn đề nhiều kế toán doanh nghiệp quan tâm, đặc biệt khi hồ sơ giao dịch được ký, lưu trữ hoàn toàn trên môi trường điện tử. Câu trả lời là hợp đồng điện tử quyết toán thuếcó thể được sử dụng để chứng minh giao dịch và làm căn cứ đối chiếu khi quyết toán nếu đáp ứng các điều kiện pháp lý về thông điệp dữ liệu, giao kết điện tử và được lưu trữ, truy xuất phù hợp.

Tuy nhiên, cần phân biệt rõ: hợp đồng điện tử hợp lệ không đồng nghĩa khoản chi liên quan đương nhiên được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Để khoản chi được chấp nhận, doanh nghiệp còn phải đáp ứng các điều kiện về tính thực tế của khoản chi, hóa đơn, chứng từ và thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định thuế hiện hành. Vậy kế toán cần kiểm tra những gì trước kỳ quyết toán? Bài viết dưới đây của NewCA là các nội dung quan trọng cần rà soát mà bạn đọc nên tham khảo ngay.

Hợp đồng điện tử có giá trị pháp lý như hợp đồng giấy không?

Có, nhưng cần đáp ứng các điều kiện pháp luật tương ứng.

Luật Giao dịch điện tử số 20/2023/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/07/2024, quy định về giá trị pháp lý của thông điệp dữ liệu. Theo đó, việc một thông tin được thể hiện dưới dạng điện tử không làm mất giá trị pháp lý của thông tin đó chỉ vì được thể hiện bằng phương tiện điện tử.

Đối với hợp đồng điện tử, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý các quy định về thông điệp dữ liệu tại Điều 9, Điều 10 và Điều 11 Luật Giao dịch điện tử 2023.

Giá trị như văn bản

Theo Điều 9 Luật Giao dịch điện tử 2023, thông tin trong thông điệp dữ liệu không bị phủ nhận giá trị pháp lý chỉ vì được thể hiện dưới dạng thông điệp dữ liệu.

Trong trường hợp pháp luật yêu cầu thông tin phải được thể hiện bằng văn bản, yêu cầu này có thể được đáp ứng nếu thông tin được chứa trong thông điệp dữ liệu và có thể truy cập, sử dụng để tham chiếu khi cần thiết.

Giá trị như bản gốc

Điều 10 Luật Giao dịch điện tử 2023 quy định thông điệp dữ liệu được sử dụng và có giá trị như bản gốc khi đáp ứng các yêu cầu về tính toàn vẹn của thông tin và khả năng truy cập, sử dụng dưới dạng hoàn chỉnh.

Tính toàn vẹn được hiểu là thông tin chưa bị thay đổi kể từ khi được khởi tạo lần đầu dưới dạng thông điệp dữ liệu hoàn chỉnh, ngoại trừ những thay đổi về hình thức phát sinh trong quá trình gửi, lưu trữ hoặc hiển thị.

Giá trị dùng làm chứng cứ

Điều 11 quy định thông điệp dữ liệu có giá trị dùng làm chứng cứ theo quy định của pháp luật. Giá trị chứng cứ được xem xét dựa trên nhiều yếu tố như độ tin cậy của phương thức khởi tạo, gửi, nhận hoặc lưu trữ; phương thức bảo đảm và duy trì tính toàn vẹn; cách thức xác định người khởi tạo, gửi, nhận thông điệp dữ liệu và các yếu tố liên quan khác.

Do đó, thay vì chỉ quan tâm đến việc “đã ký hợp đồng điện tử hay chưa”, kế toán nên kiểm tra cả tính toàn vẹn, khả năng truy xuất và dữ liệu chứng minh quá trình ký.

3 điều kiện kế toán cần kiểm tra trước khi quyết toán thuế

1. Xác định đúng người ký và phương thức ký

Một hợp đồng điện tử cần thể hiện được sự xác nhận, chấp thuận của các bên theo phương thức giao kết đã thống nhất.

Với hợp đồng được ký bằng chữ ký điện tử hoặc chữ ký số, doanh nghiệp nên lưu đầy đủ dữ liệu liên quan đến quá trình ký, chẳng hạn:

• Bản hợp đồng điện tử sau khi hoàn tất ký.
• Thông tin người ký và tổ chức mà người ký đại diện.
• Thời điểm ký.
• Thông tin chứng thư số hoặc phương thức xác thực được sử dụng.
• Nhật ký giao dịch, log hệ thống hoặc dữ liệu xác thực nếu nền tảng ký có cung cấp.

Điều này đặc biệt quan trọng khi doanh nghiệp cần chứng minh rằng hợp đồng thực sự được giao kết bởi đúng chủ thể và nội dung không bị thay đổi sau khi hoàn tất.

Lưu ý: Không nên hiểu rằng chỉ cần chữ ký số còn hiệu lực tại thời điểm cơ quan thuế kiểm tra thì hợp đồng mới hợp lệ. Vấn đề cần chứng minh là quá trình giao kết và tính xác thực của thông điệp dữ liệu tại thời điểm ký.

2. Hợp đồng điện tử quyết toán thuếphải bảo đảm tính toàn vẹn và có thể truy xuất

Theo Điều 10 Luật Giao dịch điện tử 2023, thông điệp dữ liệu có giá trị như bản gốc khi đáp ứng yêu cầu về tính toàn vẹn và khả năng truy cập, sử dụng dưới dạng hoàn chỉnh.

Vì vậy, doanh nghiệp không nên chỉ lưu một file PDF đơn thuần mà không có thông tin xác thực đi kèm.

Kế toán nên kiểm tra:

• File hợp đồng sau khi ký có còn nguyên vẹn không?
• Có thể mở và đọc đầy đủ nội dung không?
• Có thể xác định phiên bản cuối cùng đã được các bên ký không?
• Có thể truy xuất lịch sử hoặc thông tin xác thực khi cần không?
• Hợp đồng có được lưu trữ tập trung và kiểm soát quyền truy cập không?

Đây là lý do doanh nghiệp nên hạn chế tình trạng hợp đồng được lưu rải rác trong email cá nhân, máy tính của nhân viên hoặc các ứng dụng trao đổi thông tin mà không có cơ chế quản lý tập trung.

3. Hồ sơ hợp đồng phải thống nhất với hóa đơn và chứng từ liên quan

Hợp đồng điện tử chỉ là một thành phần trong bộ hồ sơ chứng minh giao dịch. Khi kiểm tra một khoản chi, kế toán nên đối chiếu tối thiểu:

Hợp đồng → nghiệm thu/biên bản bàn giao → hóa đơn → chứng từ thanh toán → chứng từ kế toán liên quan.

Các thông tin quan trọng cần kiểm tra gồm:

• Tên và thông tin của các bên.
• Nội dung hàng hóa, dịch vụ.
• Số lượng, đơn giá, giá trị hợp đồng.
• Thời điểm thực hiện giao dịch.
• Điều kiện và phương thức thanh toán.
• Thông tin trên hóa đơn.
• Chứng từ chứng minh việc thanh toán.
• Hồ sơ nghiệm thu hoặc bàn giao nếu giao dịch có phát sinh.

Nếu các tài liệu có thông tin không thống nhất, doanh nghiệp có thể phải giải trình thêm về bản chất và thực tế của giao dịch.

Hợp đồng điện tử có tự động giúp chi phí được trừ khi quyết toán thuế không?

Không. Đây là điểm kế toán cần phân biệt rõ nhất.

Giá trị pháp lý của hợp đồng điện tử được xác định theo pháp luật về giao dịch điện tử. Trong khi đó, một khoản chi có được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN hay không lại phải đáp ứng điều kiện của pháp luật thuế TNDN.

Theo khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp được trừ các khoản chi nếu đáp ứng các điều kiện, trong đó khoản chi phải thực tế phát sinh, liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh; có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định; đồng thời có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên.

Nghị định 320/2025/NĐ-CP được ban hành ngày 15/12/2025 và có quy định áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN năm 2025; riêng quy định về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt tại điểm c khoản 1 Điều 9 được áp dụng từ ngày Nghị định có hiệu lực.

Như vậy, có thể hình dung, hợp đồng điện tử hợp lệ ≠ khoản chi mặc nhiên được trừ. Doanh nghiệp cần chứng minh đồng thời:

Giao dịch có thật + chi phí liên quan đến hoạt động kinh doanh + đủ hóa đơn, chứng từ + đáp ứng yêu cầu thanh toán theo quy định.

Ví dụ

Doanh nghiệp ký hợp đồng điện tử thuê dịch vụ tư vấn với một nhà cung cấp. Hợp đồng được giao kết hợp lệ, nội dung được lưu trữ đầy đủ và có thể truy xuất. Tuy nhiên, nếu khoản thanh toán thuộc trường hợp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nhưng doanh nghiệp lại thanh toán bằng tiền mặt, việc hợp đồng điện tử hợp lệ không đủ để bảo đảm khoản chi được tính vào chi phí được trừ.

Ngược lại, nếu doanh nghiệp có đầy đủ hợp đồng, hóa đơn, hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế và chứng từ thanh toán đáp ứng quy định thì hồ sơ sẽ có cơ sở đầy đủ hơn để chứng minh khoản chi khi cơ quan thuế kiểm tra.

Hợp đồng điện tử và hóa đơn điện tử: Kế toán nên đối chiếu thế nào?

Trong thực tế quyết toán, kế toán không nên kiểm tra hợp đồng điện tử một cách độc lập. Một bộ hồ sơ hoàn chỉnh nên được rà soát theo chuỗi:

Hợp đồng điện tử → thực hiện giao dịch → nghiệm thu/bàn giao → hóa đơn điện tử → thanh toán → hạch toán.

Ví dụ, hợp đồng thể hiện doanh nghiệp mua một dịch vụ với giá trị 100 triệu đồng nhưng hóa đơn lại thể hiện nội dung hoặc giá trị khác đáng kể mà không có hồ sơ giải thích. Khi đó, vấn đề không nằm ở việc hợp đồng được ký điện tử hay ký giấy mà nằm ở khả năng chứng minh bản chất và tính thực tế của giao dịch.

Từ ngày 01/07/2026, Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử chính thức có hiệu lực.

Do đó, doanh nghiệp nên cập nhật quy trình quản lý đồng bộ cả hợp đồng, hóa đơn và chứng từ điện tử, thay vì chỉ tập trung vào việc ký hợp đồng.

Cần lưu trữ hợp đồng điện tử như thế nào để phục vụ quyết toán?

Một trong những rủi ro thường gặp là doanh nghiệp có hợp đồng nhưng khi cần lại không thể nhanh chóng tìm được bản hợp đồng hoàn chỉnh hoặc dữ liệu xác thực quá trình ký.

Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình lưu trữ tập trung, trong đó mỗi hợp đồng có thể liên kết với các hồ sơ liên quan như:

• Bản hợp đồng hoàn chỉnh sau khi ký.
• Dữ liệu hoặc thông tin xác thực chữ ký điện tử.
• Phụ lục hợp đồng.
• Biên bản nghiệm thu, bàn giao.
• Hóa đơn điện tử.
• Chứng từ thanh toán.
• Hồ sơ trao đổi hoặc tài liệu chứng minh việc thực hiện hợp đồng khi cần thiết.

Việc lưu trữ không chỉ nhằm “có file để xuất trình”, mà còn phải bảo đảm khả năng truy cập, sử dụng và chứng minh tính toàn vẹn của dữ liệu theo yêu cầu của pháp luật về giao dịch điện tử.

Hợp đồng điện tử có được cơ quan thuế chấp nhận khi quyết toán?

Có thể được sử dụng trong hồ sơ quyết toán nếu đáp ứng các yêu cầu pháp lý và có khả năng chứng minh giao dịch.

Tuy nhiên, không nên hiểu theo hướng cơ quan thuế chỉ kiểm tra xem hợp đồng là bản giấy hay bản điện tử.

Khi xem xét một khoản chi, doanh nghiệp cần có khả năng chứng minh toàn bộ giao dịch thông qua hệ thống hồ sơ liên quan. Vì vậy, câu hỏi quan trọng hơn không phải là: “Hợp đồng điện tử quyết toán thuếcó được chấp nhận không?” Mà là: “Doanh nghiệp có đủ hồ sơ để chứng minh hợp đồng điện tử, giao dịch thực tế, hóa đơn và thanh toán là hợp pháp, thống nhất và có thể kiểm tra được hay không?” Đây mới là điểm kế toán cần tập trung trước mỗi kỳ quyết toán.

Câu hỏi thường gặp về hợp đồng điện tử và quyết toán thuế

Hợp đồng điện tử có được cơ quan thuế chấp nhận không?

Có thể được sử dụng làm hồ sơ, căn cứ chứng minh giao dịch nếu đáp ứng quy định pháp luật về giao dịch điện tử và các quy định pháp luật liên quan. Việc khoản chi có được chấp nhận khi tính thuế TNDN hay không còn phụ thuộc vào các điều kiện của pháp luật thuế.

Hợp đồng điện tử có được dùng làm chứng từ kế toán không?

Hợp đồng điện tử có thể là một tài liệu trong bộ hồ sơ chứng minh giao dịch. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần phân biệt hợp đồng với hóa đơn, chứng từ thanh toán và các chứng từ kế toán khác. Không nên mặc nhiên coi hợp đồng điện tử có thể thay thế toàn bộ các chứng từ mà pháp luật thuế hoặc kế toán yêu cầu.

Chi phí từ hợp đồng điện tử có được trừ khi quyết toán thuế không?

Có thể được tính vào chi phí được trừ nếu khoản chi đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo pháp luật thuế TNDN. Hợp đồng điện tử hợp lệ là một phần của hồ sơ nhưng không thay thế các điều kiện khác như hóa đơn, chứng từ và thanh toán không dùng tiền mặt trong trường hợp pháp luật yêu cầu.

Khoản thanh toán từ 5 triệu đồng có bắt buộc không dùng tiền mặt không?

Theo khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện chi phí được trừ, trừ trường hợp đặc thù theo quy định.

Doanh nghiệp nên lưu hợp đồng điện tử ở đâu?

Nên lưu trữ tập trung trên hệ thống có cơ chế phân quyền, bảo đảm khả năng truy xuất và kiểm soát dữ liệu. Đồng thời, doanh nghiệp nên liên kết hợp đồng với hóa đơn, chứng từ thanh toán và hồ sơ thực hiện giao dịch để thuận tiện khi đối chiếu.

Checklist 5 bước rà soát hợp đồng điện tử trước kỳ quyết toán

Trước khi bước vào kỳ quyết toán, kế toán có thể rà soát nhanh theo checklist sau:

Bước 1: Kiểm tra hợp đồng đã được các bên giao kết đúng thẩm quyền và phương thức đã thỏa thuận.

Bước 2: Kiểm tra tính toàn vẹn, khả năng truy cập và dữ liệu xác thực của hợp đồng điện tử.

Bước 3: Đối chiếu nội dung hợp đồng với phụ lục, nghiệm thu, bàn giao và các hồ sơ thực hiện giao dịch.

Bước 4: Đối chiếu hợp đồng với hóa đơn điện tử và chứng từ thanh toán.

Bước 5: Với khoản chi từ 05 triệu đồng từng lần thuộc trường hợp phải thanh toán không dùng tiền mặt, kiểm tra đầy đủ chứng từ thanh toán theo quy định.

Nếu thực hiện 5 bước này ngay khi giao dịch phát sinh, doanh nghiệp sẽ hạn chế tình trạng đến kỳ quyết toán mới phải “lục lại” hàng trăm hợp đồng, hóa đơn và chứng từ.

Hợp đồng điện tử hoàn toàn có thể được sử dụng trong hồ sơ phục vụ quyết toán thuế, nhưng không nên hiểu rằng chỉ cần hợp đồng được ký điện tử là khoản chi liên quan mặc nhiên được cơ quan thuế chấp nhận.

>>> Xem thêm: MỚI: Dịch vụ chứng thực hợp đồng điện tử trong thương mại

Theo Luật Giao dịch điện tử 2023, doanh nghiệp cần bảo đảm thông điệp dữ liệu có khả năng truy cập, sử dụng, duy trì tính toàn vẹn và có đủ cơ sở xác định chủ thể, quá trình giao dịch khi cần. Trong khi đó, để một khoản chi được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, doanh nghiệp còn phải đáp ứng các điều kiện theo Luật Thuế TNDN và Nghị định 320/2025/NĐ-CP, trong đó có yêu cầu về hóa đơn, chứng từ và thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch từ 05 triệu đồng từng lần thuộc trường hợp quy định.

Vì vậy, thay vì chỉ hỏi “hợp đồng điện tử có được chấp nhận khi quyết toán không?”, kế toán nên chủ động kiểm tra toàn bộ chuỗi hồ sơ hợp đồng – giao dịch – hóa đơn – thanh toán – lưu trữ trước khi bước vào kỳ quyết toán.

NewCA là đối tác triển khai các giải pháp hợp đồng điện tử thương mại như xCyber Contract, xCyber Doc, hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn hóa quy trình ký, quản lý và lưu trữ hợp đồng điện tử tập trung, thuận tiện hơn khi cần tra cứu, đối chiếu hồ sơ.

>>> Xem ngay giải pháp hợp đồng điện tử tại NewCA để chuẩn hóa quy trình ký và lưu trữ hợp đồng trước kỳ quyết toán tại đây.