Checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử: 5 bước kế toán cần kiểm tra

Hợp đồng điện tử đã ký, hóa đơn đã có nhưng chi phí vẫn có thể gặp rủi ro khi quyết toán nếu thiếu một mắt xích trong bộ hồ sơ. Với checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử được chia sẻ trong bài viết dưới đây của NewCA, kế toán có thể lần lượt kiểm tra 5 yếu tố quan trọng từ hợp đồng, hóa đơn đến thanh toán và chứng từ lưu trữ trước khi đưa khoản chi vào hạch toán, cùng tìm hiểu ngay nhé.

Checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử gồm những gì?

Khi tiếp nhận một hợp đồng điện tử để hạch toán chi phí, kế toán không nên chỉ kiểm tra “đã ký hợp đồng và có hóa đơn hay chưa”. Một checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử đầy đủ cần rà soát đồng thời tính hợp lệ của hồ sơ, nội dung giao dịch, hóa đơn, phương thức thanh toán và mối liên hệ của khoản chi với hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Theo Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, khoản chi được trừ phải đáp ứng các điều kiện về thực tế phát sinh, liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh và có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định. Nghị định 320/2025/NĐ-CP tiếp tục quy định điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các khoản mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần từ 5 triệu đồng trở lên. Vì vậy, checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử dưới đây được xây dựng theo hướng thực tế: kiểm tra từ hợp đồng → hóa đơn → thanh toán → tính chất khoản chi → bộ hồ sơ lưu trữ.

Vì sao có hợp đồng điện tử và hóa đơn vẫn chưa đủ?

Trước khi áp dụng checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử, kế toán cần phân biệt hai vấn đề: hợp đồng điện tử có giá trị pháp lý và khoản chi có đáp ứng điều kiện để được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Luật Giao dịch điện tử 2023 quy định hợp đồng điện tử được giao kết, thực hiện bằng phương tiện điện tử và các bên có quyền thỏa thuận về yêu cầu kỹ thuật, điều kiện bảo đảm tính toàn vẹn, bảo mật của hợp đồng. Việc giao kết, thực hiện hợp đồng điện tử đồng thời phải tuân thủ pháp luật về hợp đồng và các quy định có liên quan.

Trong khi đó, điều kiện để một khoản chi được trừ khi tính thuế TNDN lại được xác định theo pháp luật thuế. Điều này có nghĩa: hợp đồng điện tử hợp lệ không đồng nghĩa mọi khoản chi phát sinh từ hợp đồng đương nhiên được tính vào chi phí được trừ. Đây là lý do kế toán nên sử dụng một checklist thống nhất thay vì chỉ kiểm tra riêng từng chứng từ.

Checklist 5 bước hạch toán chi phí từ hợp đồng điện tử

Để checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử có thể áp dụng ngay, kế toán có thể thực hiện lần lượt 5 bước dưới đây.

Bước 1: Kiểm tra hợp đồng điện tử và thông tin giao dịch

Trước tiên, kế toán cần kiểm tra hợp đồng có xác định rõ các bên, đối tượng giao dịch, giá trị, thời hạn, phương thức thanh toán và các điều khoản liên quan hay không. Đối với hợp đồng được ký và thực hiện trên môi trường điện tử, cần kiểm tra khả năng xác định chủ thể ký, thời điểm giao kết và tính toàn vẹn của thông điệp dữ liệu. Luật Giao dịch điện tử 2023 cho phép các bên thỏa thuận về yêu cầu kỹ thuật và điều kiện bảo đảm tính toàn vẹn, bảo mật của hợp đồng điện tử.

Nếu hợp đồng sử dụng chữ ký điện tử hoặc chữ ký số, kế toán nên kiểm tra trạng thái chữ ký bằng công cụ xác thực phù hợp thay vì chỉ dựa vào hình ảnh chữ ký hiển thị trên file.

Checklist nhanh:

• Thông tin bên mua, bên bán đầy đủ.
• Nội dung và đối tượng hợp đồng rõ ràng.
• Giá trị, thời hạn và phương thức thanh toán được xác định.
• Có thể xác định thời điểm giao kết.
• Chữ ký điện tử/chữ ký số có thể kiểm tra, xác thực.
• File hợp đồng và dữ liệu liên quan được lưu giữ nguyên vẹn.

Bước 2: Đối chiếu hợp đồng với hóa đơn điện tử

Sau khi kiểm tra hợp đồng, kế toán cần đối chiếu với hóa đơn đầu vào để bảo đảm thông tin trên các chứng từ thống nhất với giao dịch thực tế. Nghị định 254/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/07/2026 quy định cụ thể nội dung hóa đơn điện tử, trong đó có thông tin về người bán, người mua, hàng hóa hoặc dịch vụ, giá trị, thuế và các nội dung liên quan. Tuy nhiên, cách thể hiện thông tin người mua có những trường hợp riêng theo quy định; vì vậy không nên mặc định rằng cứ thiếu một thông tin người mua là hóa đơn đương nhiên vô giá trị.

Kế toán nên đối chiếu tối thiểu:

• Tên và thông tin bên cung cấp.
• Tên hàng hóa, dịch vụ.
• Số lượng, đơn giá và giá trị.
• Thuế suất, tiền thuế nếu có.
• Thời điểm lập hóa đơn.
• Sự phù hợp giữa hóa đơn và điều khoản thanh toán trong hợp đồng.

Với hợp đồng dịch vụ thực hiện theo nhiều giai đoạn, nên lập bảng đối chiếu riêng giữa hợp đồng – biên bản nghiệm thu/bàn giao – hóa đơn – thanh toán. Cách này giúp phát hiện nhanh trường hợp hóa đơn đã xuất nhưng chưa có căn cứ chứng minh dịch vụ đã hoàn thành theo thỏa thuận.

Bước 3: Kiểm tra chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Đây là bước đặc biệt quan trọng trong checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử. Theo điểm c khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, khoản chi cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Quy định này áp dụng từ ngày 15/12/2025.

Tuy nhiên, kế toán cần lưu ý một điểm dễ nhầm: không phải cứ chia nhỏ hóa đơn hoặc thanh toán thành nhiều lần dưới 5 triệu đồng là mặc nhiên không phải chuyển khoản.

Trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một người bán với giá trị từng lần dưới 5 triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng một ngày và tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên thì cũng phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện chi phí được trừ.

Ngoài ra, nếu đến thời điểm ghi nhận chi phí, doanh nghiệp chưa thanh toán khoản mua hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên thì vẫn có trường hợp được tính vào chi phí được trừ. Khi thanh toán, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; nếu thanh toán bằng tiền mặt thì phải kê khai, điều chỉnh giảm phần chi phí không đáp ứng điều kiện theo quy định.

Kế toán nên kiểm tra:

• Giá trị từng lần mua/thanh toán.
• Tổng giá trị mua từ cùng một người bán trong cùng ngày.
• Tài khoản chuyển tiền và tài khoản nhận tiền.
• Nội dung chuyển khoản.
• Chứng từ ngân hàng hoặc chứng từ thanh toán tương ứng.
• Điều khoản thanh toán trong hợp đồng.

Bước 4: Kiểm tra tính thực tế và liên quan của khoản chi

Sau khi kiểm tra chứng từ, kế toán cần xác định khoản chi có thực sự phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp hay không. Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 quy định khoản chi được trừ phải là khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp và đáp ứng các điều kiện về hóa đơn, chứng từ theo quy định. Vì vậy, checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử không nên dừng ở việc kiểm tra giấy tờ mà cần đối chiếu với giao dịch thực tế.

Ví dụ, doanh nghiệp ký hợp đồng thuê dịch vụ tư vấn phục vụ hoạt động kinh doanh. Ngoài hợp đồng và hóa đơn, doanh nghiệp nên có tài liệu thể hiện dịch vụ thực tế đã được cung cấp như biên bản nghiệm thu, báo cáo kết quả hoặc tài liệu bàn giao nếu phù hợp với tính chất dịch vụ. Việc này giúp chứng minh khoản chi không chỉ tồn tại trên hồ sơ mà thực sự phát sinh và phục vụ hoạt động của doanh nghiệp.

Bước 5: Tập hợp và lưu trữ đầy đủ hồ sơ

Bước cuối cùng trong checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử là tập hợp toàn bộ hồ sơ liên quan thành một bộ chứng từ có thể truy xuất. Tùy từng giao dịch, bộ hồ sơ có thể bao gồm:

• Hợp đồng điện tử và phụ lục hợp đồng.
• Dữ liệu/chứng từ xác nhận việc ký kết.
• Hóa đơn điện tử.
• Biên bản nghiệm thu, bàn giao hoặc tài liệu chứng minh dịch vụ đã hoàn thành nếu có.
• Chứng từ thanh toán.
• Đề nghị thanh toán, phiếu đề nghị hoặc hồ sơ nội bộ liên quan.
• Các tài liệu khác chứng minh tính thực tế và mục đích của khoản chi.

Thông tư 20/2026/TT-BTC cũng hướng dẫn cụ thể về thành phần hồ sơ đối với một số trường hợp chi phí, đồng thời quy định liên quan đến chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Do đó, doanh nghiệp nên lưu hồ sơ theo từng giao dịch thay vì để hợp đồng ở một nơi, hóa đơn ở một nơi và chứng từ ngân hàng ở một nơi khác.

Bảng checklist chứng từ trước khi hạch toán chi phí

Để kế toán dễ áp dụng, toàn bộ checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử có thể rút gọn thành bảng sau:

Nội dung cần kiểm tra	Hồ sơ cần đối chiếu	Kết quả
Hợp đồng điện tử	Hợp đồng, phụ lục, dữ liệu ký	Hợp đồng xác định được các bên và nội dung giao dịch
Chữ ký điện tử/chữ ký số	Công cụ xác thực chữ ký	Xác định được trạng thái chữ ký
Hóa đơn	Hóa đơn điện tử	Thông tin phù hợp với giao dịch
Thực tế phát sinh	Nghiệm thu, bàn giao, báo cáo kết quả nếu có	Có căn cứ chứng minh giao dịch
Thanh toán	Sao kê, ủy nhiệm chi, chứng từ thanh toán	Đáp ứng quy định về thanh toán
Mục đích khoản chi	Hợp đồng và hồ sơ nội bộ	Liên quan đến hoạt động SXKD
Lưu trữ	Toàn bộ hồ sơ giao dịch	Có thể truy xuất khi cần

Những trường hợp kế toán dễ bỏ sót

Trong thực tế, một số giao dịch cần được kiểm tra kỹ hơn vì chỉ nhìn vào hợp đồng và hóa đơn rất dễ bỏ sót điều kiện liên quan.

Hợp đồng thanh toán nhiều đợt

Hợp đồng có giá trị lớn nhưng thanh toán theo nhiều đợt cần được theo dõi từng lần thanh toán. Đặc biệt, kế toán phải kiểm tra cả trường hợp nhiều giao dịch với cùng người bán trong cùng ngày để xác định có phát sinh yêu cầu thanh toán không dùng tiền mặt hay không.

Khoản chi chưa thanh toán tại thời điểm ghi nhận

Không nên mặc định rằng chưa thanh toán thì không được ghi nhận chi phí được trừ. Nghị định 320/2025/NĐ-CP có quy định riêng cho khoản mua hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên chưa thanh toán tại thời điểm ghi nhận chi phí. Khi thanh toán sau đó, doanh nghiệp vẫn phải bảo đảm chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.

Hợp đồng dịch vụ chưa có hồ sơ nghiệm thu

Đối với dịch vụ thực hiện theo giai đoạn, chỉ có hợp đồng và hóa đơn có thể chưa phản ánh đầy đủ quá trình thực hiện. Kế toán nên kiểm tra thêm biên bản nghiệm thu, bàn giao, báo cáo kết quả hoặc tài liệu tương đương phù hợp với bản chất giao dịch.

Hợp đồng với cá nhân hoặc hộ kinh doanh

Đây là nhóm hồ sơ cần kiểm tra riêng vì chứng từ đầu vào và phương thức lập hồ sơ có thể khác với giao dịch mua dịch vụ từ doanh nghiệp. Không nên áp dụng máy móc checklist của giao dịch B2B thông thường.

Ví dụ áp dụng checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử

Để hình dung rõ hơn cách áp dụng checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử, giả sử doanh nghiệp ký hợp đồng điện tử thuê dịch vụ tư vấn với giá trị 30 triệu đồng, thanh toán thành 2 đợt, mỗi đợt 15 triệu đồng.

Kế toán có thể kiểm tra theo trình tự:

• Bước 1: Xác thực hợp đồng và chữ ký điện tử/chữ ký số, kiểm tra thông tin các bên và điều khoản thanh toán.
• Bước 2: Đối chiếu hai hóa đơn với nội dung dịch vụ và giá trị từng đợt theo hợp đồng.
• Bước 3: Kiểm tra chứng từ thanh toán của từng đợt 15 triệu đồng. Vì mỗi lần thanh toán từ 5 triệu đồng trở lên, cần đáp ứng yêu cầu về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.
• Bước 4: Kiểm tra tài liệu chứng minh dịch vụ tư vấn thực tế phát sinh và liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh.
• Bước 5: Lưu hợp đồng, hóa đơn, hồ sơ nghiệm thu/bàn giao và chứng từ thanh toán thành một bộ hồ sơ có thể truy xuất.

Nếu doanh nghiệp thanh toán một đợt bằng tiền mặt trong trường hợp pháp luật yêu cầu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, kế toán cần đánh giá và xử lý khoản chi theo quy định về điều kiện chi phí được trừ, thay vì chỉ dựa vào việc hợp đồng và hóa đơn đã đầy đủ.

Câu hỏi thường gặp về checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử

Trong quá trình áp dụng checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử, kế toán có thể gặp một số tình huống chưa rõ về điều kiện chi phí được trừ, ngưỡng thanh toán hoặc hồ sơ cần lưu trữ. Dưới đây là những câu hỏi thường gặp và cách xử lý để kế toán dễ dàng đối chiếu khi thực hiện.

Có hợp đồng điện tử và hóa đơn thì khoản chi có chắc chắn được tính vào chi phí được trừ không?

Không. Hợp đồng điện tử và hóa đơn là các thành phần quan trọng của hồ sơ nhưng khoản chi còn phải đáp ứng các điều kiện khác theo pháp luật thuế, trong đó có yêu cầu về tính thực tế, mối liên hệ với hoạt động sản xuất, kinh doanh và chứng từ thanh toán trong trường hợp thuộc diện phải thanh toán không dùng tiền mặt.

Khoản chi từ 5 triệu đồng có bắt buộc chuyển khoản không?

Theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP, trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện chi phí được trừ, trừ các trường hợp đặc thù được quy định. Ngoài ra, cần lưu ý trường hợp mua nhiều lần từ cùng một người bán trong cùng ngày có tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên.

Nếu chưa thanh toán thì có được tính chi phí được trừ không?

Có thể được, nếu thuộc trường hợp quy định tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP và đáp ứng đầy đủ điều kiện hồ sơ. Khi thanh toán sau đó, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định; nếu thanh toán bằng tiền mặt thì phải xử lý điều chỉnh phần chi phí không đáp ứng điều kiện.

Có phải mọi hợp đồng điện tử đều bắt buộc phải ký bằng chữ ký số?

Không nên hiểu như vậy. Luật Giao dịch điện tử 2023 quy định về thông điệp dữ liệu, chữ ký điện tử và hợp đồng điện tử; đồng thời việc giao kết, thực hiện hợp đồng phải tuân thủ pháp luật về hợp đồng và pháp luật chuyên ngành có liên quan. Vì vậy, hình thức ký cần được xem xét theo loại giao dịch và yêu cầu pháp luật áp dụng cho giao dịch đó.

Nên lưu hợp đồng điện tử như thế nào để thuận tiện khi quyết toán?

Doanh nghiệp nên lưu hợp đồng cùng các hồ sơ liên quan như hóa đơn, nghiệm thu/bàn giao và chứng từ thanh toán theo từng giao dịch. Mục tiêu là khi cần kiểm tra, kế toán có thể truy xuất được đầy đủ chuỗi chứng từ thay vì phải tìm kiếm từ nhiều nguồn khác nhau.

Chuẩn hóa checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử để giảm thao tác thủ công

Với doanh nghiệp có số lượng hợp đồng lớn, việc kiểm tra từng file, đối chiếu từng hóa đơn và tìm chứng từ thanh toán thủ công dễ phát sinh sai sót. Một quy trình checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử thống nhất giúp kế toán kiểm tra hồ sơ theo cùng một tiêu chuẩn, đồng thời dễ truy xuất khi cần đối chiếu hoặc phục vụ công tác kiểm tra thuế.

>>> Xem thêm: Chữ ký số cá nhân hay hộ kinh doanh: Nên chọn loại nào?

Một checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử hiệu quả không chỉ dừng ở việc kiểm tra hợp đồng đã ký hay hóa đơn đã nhận. Kế toán cần rà soát đồng bộ 5 nhóm nội dung: hợp đồng và chữ ký điện tử, hóa đơn, chứng từ thanh toán, tính thực tế – liên quan của khoản chi và bộ hồ sơ lưu trữ.   Thực hiện đúng checklist hạch toán chi phí hợp đồng điện tử ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế thiếu hồ sơ, giảm thời gian đối chiếu và chủ động hơn khi giải trình chi phí với cơ quan thuế.

>>> NewCA hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn hóa quy trình ký và lưu trữ hợp đồng, kết nối hồ sơ liên quan trên môi trường số, qua đó giúp việc quản lý và truy xuất chứng từ thuận tiện hơn. Tìm hiểu giải pháp hợp đồng điện tử tại NewCA để chuẩn hóa quy trình ký, lưu trữ và quản lý hồ sơ doanh nghiệp tại đây.