Giải trình hợp đồng điện tử: Vì sao hợp đồng đã ký đầy đủ nhưng doanh nghiệp vẫn mất nhiều ngày xử lý hồ sơ?

Một hợp đồng điện tử đã được các bên ký đầy đủ chưa chắc đồng nghĩa với việc doanh nghiệp có thể hoàn tất ngay mọi yêu cầu giải trình liên quan đến giao dịch. Khi rà soát hồ sơ phục vụ quyết toán thuế, vấn đề có thể nằm ở hóa đơn, chứng từ thanh toán, tài liệu nghiệm thu hoặc cách doanh nghiệp tổ chức lưu trữ dữ liệu. Vậy giải trình hợp đồng điện tử cần chuẩn bị những gì? Vì sao hợp đồng đã ký kết nhưng doanh nghiệp vẫn có thể phải mất nhiều thời gian tập hợp và đối chiếu tài liệu? Trong bài viết này của NewCA, chúng ta sẽ phân tích một tình huống nghiệp vụ tham khảo, làm rõ những nguyên nhân có thể phát sinh và đề xuất quy trình rà soát hồ sơ. Qua đó, giám đốc và kế toán doanh nghiệp nhỏ và vừa có thể đối chiếu với quy trình vận hành hiện tại, chủ động phát hiện những điểm cần cải thiện.

Hợp đồng đã ký đầy đủ nhưng vì sao doanh nghiệp vẫn phải giải trình?

Để hiểu rõ vấn đề, trước tiên cần phân biệt giữa việc hoàn tất ký kết hợp đồng và việc chuẩn bị đầy đủ tài liệu chứng minh giao dịch.

Doanh nghiệp đã hoàn tất ký kết hợp đồng điện tử

Hãy xem xét tình huống tham khảo tại một doanh nghiệp nhỏ và vừa có hoạt động mua bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ với đối tác. Doanh nghiệp sử dụng hợp đồng điện tử nhằm thuận tiện trong quá trình giao kết, hạn chế việc in ấn và hỗ trợ quản lý tài liệu. Sau khi các bên hoàn tất ký kết, hợp đồng được lưu dưới dạng tệp điện tử để phục vụ hoạt động kinh doanh và kế toán. Tuy nhiên, khi cần tập hợp hồ sơ cho một giao dịch, người phụ trách có thể phải tìm kiếm thêm nhiều tài liệu liên quan như:

• Hóa đơn điện tử phát sinh từ giao dịch.
• Chứng từ thanh toán và thông tin đối chiếu công nợ.
• Biên bản giao nhận hàng hóa, nghiệm thu hoặc xác nhận hoàn thành dịch vụ, nếu có.
• Phụ lục hợp đồng, đơn đặt hàng và các tài liệu điều chỉnh giao dịch.
• Tài liệu khác có liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo quy định áp dụng.

Những tài liệu này có thể được lưu tại các thư mục, phần mềm hoặc bộ phận khác nhau. Vì vậy, dù hợp đồng đã ký xong, doanh nghiệp vẫn có thể mất thêm công sức để tập hợp và đối chiếu hồ sơ.

Vấn đề không nhất thiết nằm ở chữ ký

Trong tình huống phân tích này, chưa có căn cứ để kết luận hợp đồng bị sai hoặc không hợp lệ. Điểm cần kiểm tra là liệu bộ hồ sơ đi kèm có thể hiện nhất quán nội dung giao dịch hay không. Chẳng hạn, thông tin về hàng hóa, dịch vụ, giá trị, thời điểm thực hiện và thanh toán có được phản ánh phù hợp giữa hợp đồng với các tài liệu liên quan hay không. Vì vậy, khi phát sinh yêu cầu giải trình hợp đồng điện tử, doanh nghiệp không nên chỉ kiểm tra chữ ký mà cần xem xét cả quá trình thực hiện giao dịch và hồ sơ liên quan.

Những nguyên nhân có thể khiến việc giải trình hợp đồng điện tử mất nhiều thời gian

Sau khi xác định hợp đồng đã được ký kết, doanh nghiệp cần rà soát những yếu tố có thể ảnh hưởng đến khả năng tập hợp và chứng minh hồ sơ giao dịch.

Chưa tập hợp đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch

Hợp đồng là tài liệu quan trọng thể hiện thỏa thuận giữa các bên, nhưng trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp còn cần những tài liệu khác để chứng minh việc thực hiện giao dịch. Chẳng hạn, đối với giao dịch mua bán hàng hóa, doanh nghiệp có thể cần rà soát tài liệu giao nhận, hóa đơn và chứng từ thanh toán tương ứng. Đối với hoạt động cung cấp dịch vụ, hồ sơ có thể bao gồm hợp đồng, tài liệu xác nhận hoàn thành công việc, hóa đơn và các chứng từ liên quan. Thành phần hồ sơ cụ thể cần được xác định theo bản chất giao dịch và quy định pháp luật áp dụng, không nên mặc định mọi hợp đồng đều cần một danh mục chứng từ giống nhau.

Thông tin giữa hợp đồng, hóa đơn và chứng từ chưa thống nhất

Một nguyên nhân khác cần kiểm tra là sự khác biệt về thông tin giữa các tài liệu. Ví dụ, hợp đồng có phụ lục điều chỉnh giá trị nhưng người phụ trách chưa cập nhật hoặc chưa tập hợp đầy đủ tài liệu liên quan. Hoặc chứng từ thanh toán chưa được đối chiếu với số tiền, thời hạn và phương thức thanh toán theo thỏa thuận. Những điểm chưa thống nhất này cần được xác minh để xác định nguyên nhân và hướng xử lý phù hợp. Doanh nghiệp không nên tự ý sửa chứng từ chỉ nhằm làm cho các tài liệu giống nhau.

Hồ sơ được lưu trữ phân tán, khó truy xuất

Khi hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và tài liệu nghiệm thu được lưu ở nhiều nơi mà không có quy ước quản lý chung, kế toán có thể phải tìm kiếm qua nhiều thư mục hoặc liên hệ các bộ phận khác nhau. Tình trạng này càng dễ phát sinh khi doanh nghiệp có nhiều giao dịch, nhiều người phụ trách hoặc thường xuyên thay đổi nhân sự. Vì vậy, bên cạnh việc kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ, doanh nghiệp cần quan tâm đến cách tổ chức lưu trữ và khả năng truy xuất tài liệu khi cần.

Cách rà soát và chuẩn hóa hồ sơ giải trình hợp đồng điện tử

Sau khi nhận diện những điểm có thể gây vướng mắc, doanh nghiệp nên triển khai quy trình rà soát theo từng bước. Cách làm này giúp người phụ trách xác định rõ tài liệu cần kiểm tra, hạn chế việc tìm kiếm thiếu định hướng.

Tập hợp hồ sơ theo từng giao dịch

Thay vì lưu hợp đồng, hóa đơn và chứng từ thanh toán ở những thư mục riêng biệt mà không có liên kết, doanh nghiệp nên tổ chức hồ sơ theo từng giao dịch hoặc từng đối tác. Một bộ hồ sơ tham khảo có thể được sắp xếp như sau:

Nhóm tài liệu	Nội dung cần tập hợp
Hồ sơ giao kết	Hợp đồng điện tử, phụ lục, đơn đặt hàng và tài liệu sửa đổi nếu có
Hồ sơ thực hiện	Biên bản bàn giao, nghiệm thu, xác nhận hoàn thành dịch vụ hoặc tài liệu tương ứng với giao dịch
Hồ sơ hóa đơn	Hóa đơn điện tử và tài liệu liên quan đến việc điều chỉnh, thay thế nếu phát sinh
Hồ sơ thanh toán	Chứng từ thanh toán, đối chiếu công nợ và tài liệu liên quan
Hồ sơ giải trình	Văn bản yêu cầu giải trình, tài liệu phản hồi và các chứng cứ bổ sung nếu có

Bảng trên là cấu trúc quản lý tham khảo, không phải danh mục hồ sơ bắt buộc áp dụng giống nhau cho mọi doanh nghiệp.

Đối chiếu thông tin giữa các tài liệu

Sau khi tập hợp hồ sơ, kế toán cần kiểm tra tính thống nhất giữa các thành phần trong bộ hồ sơ. Một số nội dung nên rà soát gồm:

• Thông tin chủ thể: Tên, mã số thuế và thông tin các bên trên hợp đồng, hóa đơn, chứng từ liên quan.
• Nội dung giao dịch: Hàng hóa, dịch vụ, số lượng, giá trị và điều kiện thực hiện.
• Thời điểm: Ngày ký, thời điểm giao hàng hoặc hoàn thành dịch vụ, thời điểm lập hóa đơn và thanh toán.
• Thanh toán: Số tiền, phương thức thanh toán, chứng từ và tình trạng đối chiếu công nợ.
• Tài liệu bổ sung: Phụ lục, biên bản nghiệm thu, bàn giao hoặc tài liệu điều chỉnh nếu giao dịch có phát sinh.

Đối với hóa đơn điện tử, doanh nghiệp cần thực hiện theo quy định về hóa đơn, chứng từ đang áp dụng. Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 123/2020/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/06/2025. Thông tư 32/2025/TT-BTC cũng có hiệu lực từ ngày 01/06/2025 và hướng dẫn thực hiện một số nội dung liên quan. Việc đối chiếu cần dựa trên hồ sơ thực tế và quy định tương ứng. Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần xác định cách xử lý phù hợp với tính chất sai sót và quy định pháp luật, thay vì tự ý điều chỉnh tài liệu.

Kiểm tra tính hợp lệ và khả năng truy xuất hợp đồng điện tử

Doanh nghiệp cần kiểm tra hợp đồng được giao kết như thế nào, chủ thể ký có đúng thẩm quyền hay không, dữ liệu hợp đồng có được bảo đảm tính toàn vẹn và có thể truy cập khi cần thiết hay không. Theo Luật Giao dịch điện tử số 20/2023/QH15, thông điệp dữ liệu không bị phủ nhận giá trị pháp lý chỉ vì được thể hiện dưới dạng điện tử. Tuy nhiên, việc đáp ứng các điều kiện pháp luật về giao dịch điện tử không tự động chứng minh mọi khía cạnh của giao dịch đều đã đáp ứng đầy đủ yêu cầu theo pháp luật thuế và các quy định chuyên ngành. Đối với hợp đồng điện tử, việc lưu tệp PDF đơn thuần có thể chưa đủ để đáp ứng mọi nhu cầu kiểm tra. Tùy phương thức ký và hệ thống sử dụng, doanh nghiệp nên lưu giữ cả dữ liệu hoặc thông tin cần thiết để kiểm tra chữ ký, tính toàn vẹn và quá trình giao kết.

Thiết lập quy trình lưu trữ và kiểm tra định kỳ

Cuối cùng, doanh nghiệp nên đưa hoạt động rà soát hồ sơ vào quy trình vận hành thường xuyên, thay vì đợi đến khi phát sinh yêu cầu giải trình mới bắt đầu tìm kiếm tài liệu. Một số biện pháp có thể áp dụng gồm:

• Đặt tên tệp theo mã giao dịch, đối tác hoặc số hợp đồng.
• Lưu hợp đồng chính cùng phụ lục và các phiên bản điều chỉnh có liên quan.
• Phân quyền truy cập phù hợp với nhiệm vụ của từng bộ phận.
• Bảo đảm tài liệu được lưu trữ có hệ thống, có thể truy cập và sử dụng khi cần.
• Xác định người chịu trách nhiệm cập nhật hồ sơ sau khi ký kết, nghiệm thu, lập hóa đơn và thanh toán.
• Kiểm tra hồ sơ theo tháng, quý hoặc theo các mốc nghiệp vụ phù hợp với hoạt động kinh doanh.

Doanh nghiệp cũng có thể xây dựng bảng theo dõi nội bộ để ghi nhận những tài liệu còn thiếu, người phụ trách xử lý và tình trạng hoàn thành. Đây là cách giúp việc quản lý hồ sơ có đầu mối rõ ràng hơn.

Doanh nghiệp nên đánh giá hiệu quả chuẩn hóa hồ sơ như thế nào?

Sau khi triển khai quy trình rà soát, doanh nghiệp cần theo dõi các chỉ số phù hợp để xác định những điểm đã cải thiện và những vấn đề vẫn cần xử lý. Do chưa có dữ liệu khách hàng thực tế trong tình huống đang phân tích, các chỉ số dưới đây chỉ là gợi ý đo lường, không phải kết quả đã được xác nhận.

Thời gian tập hợp hồ sơ

Theo dõi thời gian cần thiết để tập hợp đầy đủ hồ sơ của một giao dịch hoặc một đợt kiểm tra. Để so sánh có ý nghĩa, doanh nghiệp nên thống nhất phạm vi hồ sơ, cách tính thời gian và loại giao dịch được đo lường.

Tỷ lệ hồ sơ đầy đủ ngay từ lần kiểm tra đầu tiên

Theo dõi số lượng hồ sơ đáp ứng danh mục kiểm tra nội bộ ngay từ lần rà soát đầu tiên so với tổng số hồ sơ được kiểm tra. Chỉ số này giúp doanh nghiệp nhận diện những khâu thường xuyên thiếu tài liệu để điều chỉnh quy trình.

Số lượng điểm chưa thống nhất cần xử lý

Ghi nhận số trường hợp phát hiện thông tin chưa đồng bộ giữa hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và tài liệu liên quan. Việc theo dõi theo từng nhóm lỗi giúp kế toán xác định vấn đề xuất phát từ khâu lập chứng từ, cập nhật dữ liệu hay lưu trữ.

Khả năng truy xuất hồ sơ

Đánh giá liệu người phụ trách có thể tìm được đúng hợp đồng, phụ lục và tài liệu liên quan khi có yêu cầu hay không. Doanh nghiệp có thể ghi nhận tỷ lệ truy xuất thành công hoặc thời gian tìm kiếm theo một phương pháp thống nhất.

Những bài học quan trọng khi giải trình hợp đồng điện tử

Từ những vấn đề được phân tích, doanh nghiệp có thể rút ra một số bài học trong quản lý hợp đồng và chuẩn bị hồ sơ.

Hợp đồng đã ký không đồng nghĩa với toàn bộ hồ sơ đã hoàn chỉnh

Một hợp đồng có thể đáp ứng yêu cầu về giao kết nhưng doanh nghiệp vẫn cần tập hợp các tài liệu khác để chứng minh việc thực hiện giao dịch và xác định nghĩa vụ thuế. Vì vậy, không nên chỉ kiểm tra chữ ký mà bỏ qua hóa đơn, chứng từ thanh toán, tài liệu bàn giao hoặc những chứng cứ liên quan khác.

Quản lý hồ sơ cần bắt đầu từ khi giao dịch phát sinh

Nếu chỉ tập hợp chứng từ vào cuối kỳ, kế toán có thể phải dành thêm thời gian tìm kiếm tài liệu từ nhiều bộ phận. Việc cập nhật hồ sơ theo từng mốc công việc giúp doanh nghiệp chủ động phát hiện điểm thiếu hoặc chưa thống nhất sớm hơn.

Quy trình rõ ràng giúp hạn chế việc tìm kiếm thủ công

Khi có quy ước lưu trữ, phân quyền và người chịu trách nhiệm cụ thể, việc bàn giao công việc giữa các bộ phận cũng thuận tiện hơn. Đây là cơ sở để doanh nghiệp cải thiện khả năng kiểm soát hồ sơ, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi khi cần rà soát hoặc giải trình.

>>> Xem thêm: Phát hiện hợp đồng điện tử bị chỉnh sửa sau khi ký: Cách kiểm tra và chứng minh

NewCA đồng hành cùng doanh nghiệp trong quản lý hợp đồng điện tử

Từ những vấn đề được phân tích, có thể thấy việc quản lý hợp đồng không nên dừng lại ở bước ký kết. Doanh nghiệp cần một quy trình giúp kiểm soát tài liệu, theo dõi giao dịch và hỗ trợ người phụ trách truy xuất hồ sơ khi cần thiết. Với định hướng trở thành đối tác vận hành số, NewCA đồng hành cùng doanh nghiệp trong việc tìm kiếm và triển khai các giải pháp phù hợp với nhu cầu thực tế. Doanh nghiệp có thể tìm hiểu các giải pháp trong hệ sinh thái NewCA như:

• Hợp đồng điện tử: Hỗ trợ doanh nghiệp số hóa quy trình giao kết và quản lý hợp đồng.
• Chữ ký số: Phục vụ các nghiệp vụ điện tử theo nhu cầu và phạm vi sử dụng của doanh nghiệp.
• Hóa đơn điện tử: Hỗ trợ doanh nghiệp trong quá trình lập, quản lý và sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.
• Dịch vụ kế toán: Hỗ trợ doanh nghiệp trong các công việc kế toán theo phạm vi dịch vụ được cung cấp.

Việc lựa chọn giải pháp cần căn cứ vào quy mô, nghiệp vụ và quy trình hiện tại của từng doanh nghiệp. Phần mềm có thể hỗ trợ quản lý và truy xuất dữ liệu, nhưng không thay thế trách nhiệm kiểm tra tính chính xác, đầy đủ của hồ sơ cũng như việc tuân thủ quy định pháp luật. Doanh nghiệp của bạn đã có quy trình quản lý hợp đồng điện tử và hồ sơ giao dịch rõ ràng chưa? Liên hệ NewCA để được tư vấn giải pháp phù hợp với nhu cầu vận hành của doanh nghiệp, từ hợp đồng điện tử đến các nghiệp vụ số liên quan.

Giải trình hợp đồng điện tử không chỉ là việc xuất trình một hợp đồng đã có đầy đủ chữ ký. Để chủ động khi rà soát hoặc giải trình quyết toán thuế, doanh nghiệp cần kiểm tra tính hợp lệ của hợp đồng, đối chiếu hóa đơn và chứng từ liên quan, đồng thời tổ chức lưu trữ dữ liệu có hệ thống. Thay vì đợi đến khi phát sinh yêu cầu mới bắt đầu tìm kiếm tài liệu, doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm tra ngay từ khi giao dịch phát sinh và duy trì hoạt động rà soát định kỳ. Đây là cách tiếp cận giúp nâng cao khả năng kiểm soát hồ sơ và hỗ trợ công tác giải trình được thực hiện thuận tiện hơn.

>>> Nếu doanh nghiệp đang cần chuẩn hóa quy trình quản lý hợp đồng điện tử, hãy liên hệ NewCA để được tư vấn giải pháp phù hợp với nhu cầu vận hành thực tế.